Bébé pangolin avec sa mère enroulée, photographiés dans les forêts de Palawan, aux Philipines. © Shukran888, Wikimedia Commons, CC by-sa 4.0
Le pangolin est considéré comme élément déterminant dans l'émergence du Covid-19 mais les preuves manquent encore. Un article publié dans Nature a analysé les coronavirus présents dans des échantillons de pangolins. Certains d'entre eux se révèlent très proches du SARS-CoV-2 qui infecte désormais plus de 500.000 personnes aux quatre coins de la Planète.
L'enquête sur les origines animales du SARS-CoV-2, agent étiologique du Covid-19, est toujours d'actualité. Les chauves-souris, notamment l'espèce Rhinolophus affinis, et le pangolin sont les deux seules espèces animales hébergeant des coronavirus très proches du SARS-CoV-2. Si la chauve-souris est l'origine la plus probable du virus, bien qu'aucune preuve formelle n'existe, le rôle du pangolin dans la chaîne de transmission reste à déterminer.
Une étude, dont la publication a été accélérée dans Nature, analyse la composition du virome dans plusieurs échantillons de pangolins saisis lors d'opérations anti-braconnage. Malgré son statut d'espèce protégée, le pangolin est le mammifère qui souffre le plus du commerce illégal. Sa chair est consommée en Asie et ses écailles sont utilisées en médecine chinoise.
L'analyse génétique des échantillons de pangolins ont permis d'identifier six souches de coronavirus qui appartiennent toutes au même groupe phylogénétique que le SARS-CoV-2, les béta-coronavirus. Au niveau génomique, les gènes des six souches de pangolins sont organisés de la même façon que ceux du SARS-CoV-2.
Ces six virus possèdent entre 85,5 % et 92,4 % de similarité de séquence avec le coronavirus humain. Ils se divisent en deux branches phylogénétiques dans l'arbre d'évolution des coronavirus, dont une particulièrement proche du SARS-CoV-2. Une souche, appelée GDP2S, appartenant à cette branche a été isolée des écailles d'un pangolin provenant de Guangdong. Les scientifiques n'ont réussi qu'à reconstruire une partie du génome de GDP2S, mais le fragment obtenu est identique à 75 % au SARS-CoV-2.
Du côté des protéines, la protéine virale qui reconnait le récepteur cellulaire est similaire à 97,4 % entre les coronavirus de pangolin et le SARS-CoV-2. Mais deux hypothèses peuvent expliquer cette similarité : la recombinaison génétique ou la convergence évolutive. Les données disponibles ne permettent pas encore de trancher.
En conclusion, le pangolin est une source naturelle de coronavirus mais son rôle dans l'émergence de l'épidémie de Covid-19 reste toujours incertain. Dans tous les cas, le trafic et la consommation d'animaux exotiques comme le pangolin favorisent l'émergence de zoonose et leur présence dans les marchés devrait être prohibée.