Le nom de Domdidier, ainsi que celui des localités avoisinantes, rappelle encore l'époque romaine. On a écrit tour à tour Donno Desiderio vers 1157, Dundedier, Dognodiderio vers 1267, c'est-à-dire Domnus Desiderius, église de Didier, nom du saint auquel l'église du village est dédiée.
Sur le plan temporel, Domdidier était rattaché à la Maison féodale des Neuchâtel. En 1158, il est fait mention d'un certain Ulrich, chevalier de Domdidier, qui assiste comme témoin d'un arrangement conclu entre l'Abbaye d'Hauterive et Ulrich de Courtion. Au XIVe siècle, Domdidier dépend des Seigneurs de Montagny. Les archives communales, dont les premiers textes remontent à 1283, relatent de nombreuses brouilles avec Avenches, Dompierre et Russy au sujet des pâturages communaux ou de ventes de terres. On y trouve aussi les noms de quelques familles qui existent encore aujourd'hui : les Cormenboeuf, les Chardonning, les Godi, les Fornerod.
En 1478, le gouvernement de Fribourg achète toute la seigneurie de Montagny. Dès lors, la situation de gens de Domdidier est privilégiée par rapport à celle que l'on impose aux paysans de l'époque féodale. En 1590 par exemple, les habitants jouissent entièrement de leurs forêts. En 1664, le Conseil de Fribourg ratifie d'autres avantages. Seuls les bourgeois peuvent tenir trafic de vins ou autres denrées, construire une forge ou une tannerie, faire paître le bétail sur les pâturages communs. En 1664, le même Conseil rappelle à ses sujets de Domdidier que ses mandements sur la chasse sont restés lettre morte et que tout le monde veut se mêler de la chasse sans souci du temps, ni de la saison. En conséquence, il est interdit de pratiquer la chasse aux oiseaux, de Pâques jusqu'à la Saint-Jacques. Sont exceptés les étourneaux et autres oiseaux nuisibles à la culture. La chasse aux cailles et perdrix est réservée aux nobles et aux enfants de bonne maison. Les aubergistes auxquels on offrira du gibier interdit sont tenus de dénoncer les délinquants au bailli, sous peine d'amende.
Les nobles de Domdidier subsistèrent jusque vers la fin du 14ème siècle. Le fief passa ensuite par héritage à diverses familles pour arriver aux Féguely, derniers possesseurs du Château. En 1625, Jean Féguely, capitaine au service du roi de France, dota Domdidier de sa première école. Le fondateur peut à son gré nommer ou déplacer le maître d'école, sans que la commune ait le droit de s'en mêler.
L'instituteur recevra tous les enfants de Domdidier dans son école; il leur apprendra à aimer et à craindre Dieu, à lire, à écrire. Il leur enseignera surtout bien le catéchisme, non seulement par coeur, mais en le leur expliquant bien; il est tenu de servir aux offices divins et de nettoyer l'église. Il ne devra jamais demander, ni accepter aucun bois ou argent des élèves. Il se contentera de la rente fixée par le fondateur de l'école et du produit de la quête de l'eau bénite.
Des hommes célèbres s'arrêtèrent à Domdidier. En 1777, l'empereur d'Allemagne Joseph II reçut les honneurs d'une sentinelle placée par le gouvernement à l'entrée du village. Le 25 novembre 1797, Napoléon Bonaparte prit son petit déjeuner à l'auberge de la Croix-Blanche. Il se rendit à la cuisine pour se réchauffer et préparer lui-même son café et quelques oeufs.
De 1798 à 1803, Domdidier est rattaché au district d'Avenches, puis à l'arrondissement de Montagny de 1803 à 1830, au district de Dompierre de 1830 à 1848, enfin au district de la Broye dès 1848.
Comme nous l'avons dit, Domdidier avait reçu au cours de son histoire des franchises de ses maîtres, c'est pourquoi, invoquant les privilèges acquis, la population refusa de se soumettre à un article de la loi fribourgeoise du 4 mai 1830 qui mettait à la charge des communes les charrois et les travaux nécessaires à l'entretien des routes cantonales qui traversaient leur territoire. La route principale était en si mauvais état que les roues des chars se brisaient. Le gouvernement somma la commune d'effectuer les corvées nécessaires, mais en vain. La guerre du gravier était déclarée. Le Conseil d'Etat envoya un détachement de gendarmes et de carabiniers pour procéder militairement aux travaux nécessaires. Les femmes sonnèrent le tocsin. Toute la population se préparait à résister. Les forces de l'ordre jugèrent prudent de se retirer de leurs positions de Granges-Rothey pour attendre le renfort de 4 compagnies d'infanterie. Le 29 mars 1832, la population se soumit. En guise de réconciliation, les autorités et les forces de l'ordre mangèrent ensemble le gâteau à l'oignon, d'où le surnom qui fut donné aux gens de Domdidier. .