Si la souveraineté cantonale en matière religieuse n'était plus guère contestée, le problème des bailliages communs, régis par chaque canton selon le principe du tournus, était ouvert. Le conflit dégénéra en une guerre ouverte : la première guerre de Kappel, première guerre de religion en Europe, eut lieu en 1529. Le landamman de Glaris, en proposant un compromis, la première paix de Kappel, évita le bataille alors que les deux armées se faisaient face. La légende a retenu l'épisode de la Soupe au lait de Kappel.
Mais les problèmes n'étaient pas résolu pour autant ; de plus Zurich avait des visées sur les bailliages de Thurgovie et du Toggenbourg. Le conflit était ravivé et le canton imposa, durant l'été 1531, de fermer ses marchés aux Waldstätten, qui réagirent en se préparant à un conflit ouvert. La deuxième guerre de Kappel eut bientôt lieu. Les cantons catholiques ayant fait alliance entre temps avec le Valais et Ferdinand Ier, roi de Bohême et de Hongrie, les troupes zurichoises furent vaincus lors de la bataille, où Zwingli perdit la vie le 11 octobre 1531.
La deuxième paix de Kappel favorisa les catholiques dans les bailliages communs, mais reconnaissait un statu quo religieux aux niveaux des cantons.
Le 8 juin 1529, le canton de Zurich déclare la guerre à 5 cantons catholiques. Les armées protestantes marchent alors sur le village de Kappel qui marque la frontière entre Zurich et le canton de Zoug.
Pendant la première des « guerres de Kappel » (où il n'y a pas eu de guerre), alors que les généraux des deux camps essayent de négocier une solution pacifique au conflit, les soldats des deux armées amènent un gros chaudron dans lequel ils font bouillir du lait agrémenté de morceaux de pain que les protestants et catholiques mangent ensemble.
Le bourgmestre de Strasbourg, Jean-Jacques Sturmen, qui était un des arbitres désigné pour régler le conflit, se serait écrié à cette occasion : « Vous, Confédérés, vous êtes d'étranges gens ; quand même vous avez noise ensemble, vous restez pourtant unis, et n'oubliez jamais la vieille amitié ».
Egger Ph.